In der Zeit der Anwendung der Prisenordnung, aber auch noch nach der Verkündung des uneingeschränkten U-Boot-Krieges wurden viele Handelsschiffe erst nach einer Warnung und Aufforderung zum Verlassen des Bootes versenkt. Vielfach wurden die Kapitäne und Offiziere der Handelsflotte durch die U-Boote als Gefangene an Bord genommen und nach Deutschland gebracht, wo sie in Internierungslagern - oft bis zum Kriegsende - untergebracht wurden. Ziel dieser Maßnahmen war es insbesondere, dem Gegner nicht nur Frachtraum, sondern auch erfahrenes seemännisches Personal zu entziehen, denn oft fuhr dieses nach einer überlebten Versenkung kurze Zeit später wieder auf einem neuen Schiff zur See.
Auch U 54 nahm einige Male Kapitäne, Steuermänner und Funker versenkter Schiffe an Bord. Nicht alle Gefangennahmen sind im KTB verzeichnet. So notierte Otto Knüppel:
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